Con el fin de aprender técnicas especializadas y poner en práctica las habilidades del pensamiento científico y los contenidos específicos abordados durante la carrera, los estudiantes de Tercer año de Pedagogía en Biología y Ciencias Naturales Especialidad Indagación Científica Escolar realizan pasantías en diversos laboratorios de investigación profesional. Dicha actividad se genera dentro del curso de Laboratorio de Indagación Científica de sexto semestre.
Durante las pasantías, los alumnos participan en la toma de datos para luego analizarlos en conjunto con el tutor del laboratorio, buscan información en variadas fuentes para profundizar en el tema de investigación y realizan reflexiones pedagógicas sobre el trabajo desarrollado, centrada en los aprendizajes que pueden alcanzar sus futuros alumnos, entre otras actividades.
Las instituciones que colaboran actualmente con la carrera son el Laboratorio de Neurobiología molecular y Biomedicina de la Pontificia Universidad Católica; Laboratorio de Bioingeniería de la Universidad Adolfo Ibáñez; Laboratorios de la Facultad de Medicina de U. Del Desarrollo y de la U. de Chile; Laboratorio del Centro de Biotecnología Vegetal de la U. Andrés Bello, y el área curatorial en Botánica y Zoología del Museo de Historia Natural.