El CIDE nace en 1964, en los momentos en que se inició la Reforma Educacional impulsada por el presidente Eduardo Frei Montalva, la que buscó modificar el sistema escolar para expandirlo, corregir las desigualdades sociales y responder a las demandas de los sectores populares.
Fundado por Patricio Cariola, S.J. (Premio Nacional de Educación 1999), el CIDE se gesta con el doble objetivo de abordar, por una parte, el tema educativo desde la investigación, convocando distintas miradas y, por otra, reflexionar sobre las prácticas educativas de la época, buscando desarrollarlas a través de la innovación.
Este centro colaboró, principalmente en la década del ochenta, en el fortalecimiento e impulso de la Educación popular, buscando que la educación trascendiera el espacio de las aulas y que permitiera el desarrollo social y personal de diversos actores. Desarrolló gran cantidad de material pedagógico para apoyar estos procesos comunitarios y participativos de educación.
Su trabajo se desarrolló en estrecha vinculación con otros centros e instituciones de los distintos países de América Latina, principalmente a través de la creación y coordinación por más de veinte años de REDUC (Red latinoamericana de documentación en educación).